Su investigación se centra en el uso de herramientas omicas (metagenómica y metabolómica) para investgaciónes de microorganismos en plantas y alimentos. Entre los temas que desarrolla se encuentra la microbiología aplicada al estudio de patógenos en alimentos, busqueda de biocontroladores, comunidades microbianas en plantas y alimentos, e interacción planta patógeno utilizando herramientas ómicas. Actualmente dicta los cursos de microbiología y herramientas ómicas tanto para grado como para postgrados y dirige la red de universidades VLIR Network Ecuador.